關於牛樟芝，存在不少常見問題及誤解。有些人可能會認為牛樟芝完全沒有副作用，或者能夠取代傳統藥物。這類觀點顯然需要澄清，因為牛樟芝雖具潛力的健康益處，但不應視為醫療治療的替代品。
因此，對於已經有肝臟疾病或相關問題的人，在使用前應謹慎評估，最好是在專業醫生的指導下進行。在使用牛樟芝的過程中，定期檢查肝功能是明智的做法。這可以幫助及早發現可能的肝臟損傷，保障健康。
生長在陰暗潮濕的環境中，牛樟菇吸取牛樟樹的養分，最終形成其獨特的基因特徵與健康成分。這種特殊的生長方式，讓牛樟菇在天然草本中的地位獨樹一幟。
但在衛生主管機構嚴格把關下，目前市場中基本上沒有宣稱具有可抗癌效果的產品。 林口長庚毒物科主任已故學者林杰樑（2013/05/22）：「牛樟芝的話在目前為止，對於身體的幫助，對身體健康的促進作用，並沒有醫學上確定的證據。」
吃牛樟芝有禁忌或副作用嗎？ 誰不能吃？ 不推薦/不能吃牛樟芝族群1：懷孕中的孕婦、哺乳中的婦女 不推薦/不能吃牛樟芝族群2：有疾病治療中的病患(請諮詢專業醫生意見) 不推薦/不能吃牛樟芝族群3：有服用特定藥物患者(須確保不衝突後再吃) 不推薦/不能吃牛樟芝族群4：生理期間(建議評估食用)
而樟芝能補虛勞、調節生理機能，“愛睏”便是牛樟芝使精神及生理機能正常化的過程中所形成的現象。 ii） 更不適原有的症狀現象會更加不適，如氣喘會喘得更厲害、疼痛部位會更痛，平常的暈眩會更暈等等，其原因通常是牛樟芝的成分“天然有機鍺（Ge32）”在解毒時，跟體內毒素化合後帶走。